Σύμφωνα με το άρθρο 1 του ν. 2638/1998 (ΦΕΚ Α΄ 204), οι Ακαδημίες Εμπορικού Ναυτικού (Α.Ε.Ν.) είναι περιφερειακές υπηρεσίες του Υπουργείου Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής και λειτουργούν σύμφωνα με το νόμο αυτόν και τον Εσωτερικό Κανονισμό τους.

Σύμφωνα με το άρθρο 2 του ν. 2638/1998 (ΦΕΚ Α΄ 204), οι Α.Ε.Ν. έχουν ως αποστολή:

• Τη δημιουργία αξιωματικών του εμπορικού ναυτικού πλήρως καταρτισμένων με ολοκληρωμένη θεωρητική και πρακτική γνώση του αντικειμένου, καθώς και την εξειδίκευση αυτών, βασισμένη στις οικονομικές και τεχνολογικές εξελίξεις στο χώρο της ναυτιλίας.
• Τη διατήρηση στενής και αμφίδρομης σχέσης με τους ναυτιλιακούς και άλλους συναφείς οικονομικούς φορείς της χώρας.
• Τη συνεργασία μεταξύ τους και με άλλα τριτοβάθμια εκπαιδευτικά ιδρύματα της χώρας και του εξωτερικού, καθώς και με φορείς του δημόσιου και ιδιωτικού τομέα, για την επίτευξη του σκοπού τους.
• Τη συμμετοχή τους σε προγράμματα εφαρμογής και ανάπτυξης της ναυτικής τεχνολογίας, της διοίκησης και της εκμετάλλευσης του πλοίου.
• Τη συμβολή τους στον προσανατολισμό των νέων στο ναυτικό επάγγελμα.
• Την ενημέρωση της κοινής γνώμης για το σκοπό λειτουργίας τους και τη γενικότερη αποστολή τους.
• Τη σύμπραξη από κοινού με τα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα (Α.Ε.Ι.) για τη διοργάνωση Προγραμμάτων Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) και τη διεξαγωγή έρευνας σε τομείς ενδιαφέροντος της ελληνικής εμπορικής ναυτιλίας. 

Με προεδρικό διάταγμα, που εκδίδεται μετά από πρόταση των Υπουργών Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων και Εμπορικής Ναυτιλίας και με τη σύμφωνη γνώμη των ενδιαφερόμενων  (Α.Ε.Ι.), μπορεί να οργανώνονται και να λειτουργούν, να συγχωνεύονται, να μετονομάζονται ή να καταργούνται Π.Μ.Σ. σε γνωστικά αντικείμενα σχετικά με τις εκπαιδευτικές, ερευνητικές και λειτουργικές ανάγκες της εμπορικής ναυτιλίας. Τα Προγράμματα αυτά οργανώνονται από τα Πανεπιστήμια σε συνεργασία με τις Α.Ε.Ν. Την αρμοδιότητα χορήγησης μεταπτυχιακών τίτλων σπουδών έχουν τα Πανεπιστήμια.