Σύμφωνα με το άρθρο 4 του Εσωτερικού Κανονισμού των Ακαδημιών Εμπορικού Ναυτικού (ΦΕΚ Β΄ 2240), τα όργανα διοίκησης της Α.Ε.Ν. είναι μονομελή και συλλογικά.

• Μονομελή όργανα είναι: ο Διοικητής Α.Ε.Ν., ο Υποδιοικητής Α.Ε.Ν., οι Διευθυντές Σχολών, οι Αναπληρωτές Διευθυντές Σχολών, οι Υπεύθυνοι Τομέων και οι Υπεύθυνοι Εργαστηρίων.
• Συλλογικά όργανα είναι: Το Συμβούλιο Α.Ε.Ν. (Σ.Α.Ε.Ν.), το Εκπαιδευτικό Συμβούλιο της Σχολής και η Συνέλευση Τομέα.

Σύμφωνα με το άρθρο 12 του Εσωτερικού Κανονισμού των Ακαδημιών Εμπορικού Ναυτικού (ΦΕΚ Β΄ 2240), για την υποστήριξη του εκπαιδευτικού έργου, των σπουδαστών/στριών, του προσωπικού και των εγκαταστάσεων, λειτουργούν σε κάθε Α.Ε.Ν. Διοικητικές Υπηρεσίες, οι οποίες διαρθρώνονται ως εξής:

• Γραφείο Διοίκησης Προσωπικού
• Γραμματεία Α.Ε.Ν.
• Γραμματεία Σχολής Α.Ε.Ν.
• Γραφείο Βιβλιοθήκης, Εκπαιδευτικών Κειμένων και Εκτυπώσεων
• Γραφείο Σπουδαστικής Μέριμνας
• Γραφείο Διασύνδεσης
• Γραφείο Επιμελητείας Τεχνικής Υποστήριξης
• Γραφείο Απογραφής
• Γραφείο Οικονομικής Διαχείρισης